一般的に、免税組織は、連邦税を納付する必要がなくても内国歳入庁（IRS）に年間納税申告書（フォーム990）を提出しなければなりません。

フォーム990とは、内国歳入法第501条（A）項の下で所得税の免除を受けているほとんどの組織、特定の政治組織及び非免除慈善信託機構が、内国歳入庁（IRS）に提出しなければならない年次報告書です。一部の免税組織（例：教会の補助機構、あるいは教会に所属する、または宗教秩序に従って運営される大学レベル以下の学校）は、IRSに年次報告書（Form 990）を提出する必要がありません。

所得税の免除を受ける組織が提出しなければならないフォーム990の種類は、組織の経営成績及び財務状況によります。具体的には下表のとおりです。

財務状況	提出必要なフォーム
通常の総収入≤50,000ドル	990-N
総収入<200,000美元かつ総資産<500,000ドル	990-EZまたは990
総収入≥200,000ドル、あるいは総資産≥500,000ドル	990
私立財団 - 財務状況を問わず	990-PF

免税組織は必ずフォーム990の上に次の情報を開示しなければなりません。

1. その任務又はその他重要な活動に関する説明
2. その収入、支出、資産及び負債の財務情報
3. 取締役、受託者及び主要な従業員のリスト、及び特定の従業員に支払う報酬
4. 免税組織の免税及びその他経営活動、財務情報、及び連邦税法の遵守状況の申告
5. その経営活動及び組織の形態によって追加フォームの提出が要求されるかもしれない

フォーム990の提出期限は、当該免税組織の会計年度終了後5ヶ月の15日目になります（暦年課税を選択した場合は5月15日）。電子方式でフォーム8868を提出することで提出期限を自動的に6ヶ月延長することを請求できます（フォーム990-Nの申告者を除く）。

免税組織は要求されているフォーム990を提出していない、あるいは期限までに提出しなかった場合、内国歳入庁（IRS）によって罰金を科される可能性があります。なお、3年連続で要求に従って相応した書類を提出していなかった免税組織は、自動的にその免税資格を失います。フォーム990-Nの提出は延期できないので、提出が遅れた場合は罰金が科されません。もしフォーム990-Nの提出が遅れた場合、IRSは組織の最新の登記住所にリマインダー通知書を送ります。