資料庫跨境電商海外倉出口企業，如需辦理出口退（免）稅相關事項，應先進行出口退（免）稅備案。企業可在首次申報出口退（免）稅時，向主管稅務機關辦理出口退（免）稅備案手續。
如出口退（免）稅備案信息發生了變更，應自變更之日起30日內提交變更後的《出口退（免）稅備案表》，向主管稅務機關申請辦理備案變更。
企業如需撤回出口退（免）稅備案的，應按規定先行結清退（免）稅款，再向主管稅務機關申請撤回備案。
跨境電商出口企業申請註銷稅務登記的，應先向主管稅務機關申請撤回出口退（免）稅備案。
跨境電商海外倉出口企業出口並按會計規定做銷售的貨物，應在做銷售的次月進行增值稅納稅申報。企業在貨物報關出口之日（以出口貨物報關單上的載明的「出口日期」為準）次月增值稅納稅申報期內，即可向主管稅務機關申報辦理出口退（免）稅；最晚不遲於次年4月30日前的任何一個月增值稅納稅申報期，均可申報辦理出口退（免）稅。
對於外貿型跨境電商海外倉出口企業，經主管稅務機關同意後，也可在增值稅納稅申報期以外的其他時間辦理出口退（免）稅申報。
需注意的是自2020年1月20日起，企業未在規定期限內申報出口退（免）稅的，待收齊退（免）稅憑證及相關電子信息後，仍可申報辦理出口退（免）稅。
企業應在申報出口退（免）稅後15日內，將下列備案單證妥善留存，並按照申報退（免）稅的時間順序，製作出口退（免）稅備案單證目錄，註明單證存放方式，以備稅務機關核查。
- 出口企業的購銷合同（包括：出口合同、外貿綜合服務合同、外貿企業購貨合同、生產企業收購非自產貨物出口的購貨合同等）；
- 出口貨物的運輸單據（包括：海運提單、航空運單、鐵路運單、貨物承運單據、郵政收據等承運人出具的貨物單據，出口企業承付運費的國內運輸發票，出口企業承付費用的國際貨物運輸代理服務費發票等）；
- 出口企業委託其他單位報關的單據（包括：委託報關協議、受託報關單位為其開具的代理報關服務費發票等）。
除另有規定外，備案單證由企業存放和保管，不得擅自損毀，保存期為5年。
企業申報退（免）稅的出口貨物，應當在出口退（免）稅申報期截止之日前收匯。未在規定期限內收匯，但符合《視同收匯原因及舉證材料清單》所列原因的，企業留存《出口貨物收匯情況表》及舉證材料，即可視同收匯；因出口合同約定全部收匯最終日期在退（免）稅申報期截止之日後的，應當在合同約定收匯日期前完成收匯。
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