个人住民税的特别征收类似于所得税的源泉征收,指雇主(支付薪资人士)每月应从支付予员工(纳税义务人)的薪资中源泉征收(即代扣)员工的个人住民税(含市町村民税及都道府县民税),并代缴至员工住址所在的区市町村政府之制度。
根据地方税法第321条之4第1项,拥有所得税源泉征收义务的雇主拥有从薪资中代扣代缴员工个人住民税的法定义务。不过,平时向不超过2名家务工支付薪资的雇主根据所得税法第184条无需源泉征收所得税,因此无需代扣代缴住民税。
地方税法规定,拥有所得税源泉征收义务的雇主原则上应特别征收员工的个人住民税。该规定修订后,由于未全面普及、落实,导致许多符合条件的雇主未依法特别征收。如政府继续放任社会滥用普通征收,对于严格遵守法律、实施特别征收的雇主而言是不公平的。
个人住民税的税额根据上年所得计算原则上不存在变更的可能性。但是,如果员工办理了所得税的修正申报,重新计算个人住民税额时,区市町村政府将发出适用于未特别征收月份的税额调整的税额变更通知书,往后雇主应根据税额变更通知书,从员工薪资中代扣变更后的税额。
如果某员工的个人住民税额大幅下降,不得不将已特别征收的税额退予该员工时,区市町村政府在发出税额变更通知书后,会就税金退还方法联系雇主。
雇主因员工离职等变动提交变动备案书(日文“異動届出書”)后,员工的个人住民税额也可能发生变更。
计算员工所得税、个人住民税的方法不同。即使员工的所得税额为零,其个人住民税额也未必为零。
日本法律不允许雇主以工作量增加、经费增加、或无合适的负责人为由不采用特别征收,各雇主应依法履行特别征收义务。
“纳期特例”是允许雇主每半年一次性缴纳该半年内代扣的员工个人住民税之制度,与代扣频率无关。因此,雇主即使适用纳期特例,仍应每月代扣员工的个人住民税,妥善保管,直至每年6月及12月缴纳半年份的税额。
原则上,区市町村政府应依法指定雇主(支付薪资者)为特别征收义务人,如在其它都道府县未被指定为特别征收义务人,雇主应主动联系相关区市町村政府。
雇主以不想特别征收为由解雇员工时,依据劳动合同法(日文“労働契約法”)第16条,该解雇行为无效。
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