台湾公司决定结束营业，且并不是因为合并消灭或破产而办理解散时，依法应选任清算人办理公司解散清算的程序，公司解散清算程序全部完成后，才算是法人格完全消灭。

台湾公司的清算人，如果公司章程及股东并没有另外决议选任清算人，台湾有限公司的清算以全体股东为清算人，股份有限公司则以董事为清算人，外商在台分公司则是以分公司负责人为清算人。一般实务上会选定一人为清算人，如果有多位清算人，清算事项的决议会取决于是否有过半数的清算人同意。

清算人就任后，应履行的责任义务包括了下面几项内容：

一、清算人就任后，需立即检查公司财产情况并造具财务报表及财产目录送交股东或监察人查阅;
二、以公告的方式催告债权人收取债权并清偿债务，需公告至少三次;
三、公司清偿债务后，按章程或股东持股比例分派剩余财产;
四、将最终的财务报表及财产目录提交股东承认后，依法向法院声报清算完结。

清算人于执行清算事务之范围内，其权利义务与董事相同，且为公司之职务负责人，对于公司应负善良管理注意义务及忠实义务。对于公司清算事务之执行，如有违反法令者，依其情节之轻重要负担台湾民事及刑事责任。

民事责任

一、公司负责人应忠实执行业务并尽善良管理人之注意义务，如有违反致公司受有损害者，负损害赔偿责任。
二、清算人之不法行为、延误声报期限、妨碍、拒绝或规避行为，处台币(以下同) 一万元以上五万元以下罚款或新台币二万元以上十万元以下罚款，而且得连续罚。

刑事责任

一、清算人为公司负责人，对于股东有忠实义务，因此清算人违背忠实义务时，有背信罪。处五年以下有期徒刑、拘役或科或并科五十万元以下罚金。
二、财务报表如不实，处五年以下有期徒刑、拘役或科或并科新台币六十万元以下罚金

参考资料：
台湾分公司注销登记（陆资申请注销台湾分公司）
外国公司驻台湾办事处撤销登记程序及费用