根據地方稅法第317條及第321條,就一般情況簡要而言,按以下流程特別徵收:
- 僱主每年1月31日之前,向員工所居住的區市町村提交薪資支付報告書(日文「給與支払報告書」);
- 區市町村根據僱主提供的薪資支付報告書,計算各員工的個人住民稅的稅額;
- 僱主提交薪資支付報告書後,如有在4月1日不在職的員工,應在4月15日之前向區市町村長報告情況;
- 在每年5月31日之前,僱主將收到由員工於1月1日住址所在區市町村發出的《特別徵收稅額決定通知書》,隨後交付通知書予員工;
- 《特別徵收稅額決定通知書》中記載了6月至次年5月期間各員工應被僱主特別徵收之住民稅的年稅額及每月均攤稅額,僱主在上述期間內從員工薪資中源泉徵收通知書中記載之個人住民稅額;
- 僱主應在次月10日前,於區市町村(或金融機關、郵政銀行等)繳納本月特別徵收的住民稅金。平時員工人數不足10人的僱主,經區市町村長的審核同意,可享受納期特例,於12月及次年6月一次性繳納6個月的個人住民稅,無需每月繳納。
出現員工離職、停職、調職等變動情況時,僱主應在發生變動的次月10日前,提交變動備案書(日文「異動屆出書」)。
無需繳納個人住民稅的員工、或已繳足個人住民稅的員工發生變動情況時,僱主仍應在變動的次月10日前,提交變動備案書。
每月被特別徵收個人住民稅的員工離職,不再領取僱主支付薪資後,該員工從離職次月起,其個人住民稅不再被僱主特別徵收,未被特別徵收的稅額改為由普通徵收方式徵收。但是,下列情況可繼續適用特別徵收:
- 員工於6月1日~12月31日離職的,員工本人申請其未被特別徵收的個人住民稅額繼續採用特別徵收方法統一徵收;
- 員工於次年1月1日~4月30日離職的,前僱主原定在5月31日前支付的薪資、離職金等超過原定在剩餘月份特別徵收的個人住民稅額時,即使員工未提出繼續特別徵收的申請,其未被特別徵收的個人住民稅額仍將由前僱主一併特別徵收。
如員工中途入職,則僱主可通過提交特別徵收的轉換申請書(日文「特別徴収への切替申請書」),將該員工的個人住民稅徵收方法由普通徵收切換至特別徵收。但是,如提交申請書時已逾普通徵收的納稅期限,則無法轉換成特別徵收方式。
每年5月,區市町村發出稅額決定通知書及繳納書(日文「納入書」)。僱主收到上述文件後,應於支付薪資的次月10日前,在金融機構等的窗口代繳員工的個人住民稅。僱主在繳納書中所記載之金融機構等繳納稅金的,原則上無需支付手續費。未在繳納書中所記載之金融機構等繳納稅金的,可能產生手續費,手續費金額根據金融機構而異。
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