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(一)
獨立核算
獨立核算是指對分支機構的經營活動過程及其成果進行全面、系統的會計核算。分支機構有獨立的組織形式，獨立進行經營活動、獨立計算盈虧，單獨設置會計機構並配備會計人員，有完整的會計工作組織體系。
(二)
非獨立核算
非獨立核算是指將分支機構經營活動有關的業務資料定期報送給總公司，由總公司統一進行核算。總公司一般會撥付一定數額的周轉資金給分支機構從事業務活動，分支機構不單獨計算盈虧，而僅就幾個主要財務指標進行簡易核算。
居民企業如在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市）設立不具有法人資格的分支機構，則為跨地區經營匯總納稅企業。除另有規定外，其企業所得稅徵收管理適用「統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫「的方式。因此，總分機構的所得稅徵收實行匯總納稅，不區分是否獨立核算。
企業可登錄電子稅務局辦理匯總納稅備案，路徑為「我要辦稅-稅費申報及繳納-企業所得稅申報-企業所得稅匯總納稅企業總分機構信息備案」，依照頁面提示分別輸入分支機構名稱、層級、地址、納稅人識別號及企業所得稅主管稅務機關名稱等即可。
總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構（指匯總納稅企業依法設立並領取非法人營業執照，且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構），須就地分攤繳納企業所得稅。
(一)
分攤方式
- 總機構分攤稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
- 所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
- 某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入÷各分支機構營業收入之和）×0.35+ （該分支機構職工薪酬÷各分支機構職工薪酬之和）×0.35 + （該分支機構資產總額÷各分支機構資產總額之和）×0.30
(二)
以下二級分支機構無需就地分攤繳納企業所得稅：
- 不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售後服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅；
- 上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅；
- 新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅；
- 當年撤銷的二級分支機構，自辦理註銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅；
- 匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
(一)
總機構及二級分支機構發生的資產損失，除應按專項申報和清單申報的有關規定各自向所在地主管稅務機關申報外，二級分支機構還應同時上報總機構；三級及以下分支機構發生的資產損失不需向所在地主管稅務機關申報，應併入二級分支機構，由二級分支機構統一申報。
(二)
總機構對各分支機構上報的資產損失，除稅務機關另有規定外，應以清單申報的形式向所在地主管稅務機關申報。
(三)
總機構將分支機構所屬資產捆綁打包轉讓所發生的資產損失，由總機構向所在地主管稅務機關專項申報。
個人所得稅以支付所得的單位或個人為扣繳義務人。如分公司的員工工資獎金由分支機構支付發放，則個稅由分支機構申報繳納；如員工工資由總公司直接支付，則由總公司代扣代繳個人所得稅。
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