依臺灣《職業安全衛生法》規定，雇主有義務對在職勞工應施行一般健康檢查，若是從事特別危害健康作業者的勞工，或是其他政府指定的特定對象，也須進行指定項目的健康檢查，對於上述健檢結果，雇主應保存檢查紀錄，並負擔健康檢查費用。

而在稅務的處理上，雇主負擔在職員工的定期健康檢查、特殊健康檢查的費用，可以免列入員工薪資所得，不會對員工增加納稅負擔，但是支付給特約醫療機構的健檢費用，就要依支付對象性質，辦理扣繳及憑單申報，處理方式大致分為三類：

首先，給付對象為公立醫院時，雇主可以不必辦理扣繳稅款，也免填報扣繳憑單，這是最單純的模式。
第二，若是找私立的財團法人醫院、社團法人醫院辦理健檢，這部分也同樣不必扣繳所得稅，但因為對象為民間單位，因此須在給付年度隔年1月底前，向稽徵機關列單申報扣繳憑單，所得類別選擇「其他所得」 。
若非上述二類，第三類情形即是找一般醫院、醫事檢驗所、診所合作。這些單位跟政府、非營利團體不同，屬於臺灣《所得稅法》當中所規定的執行業務者。因此，雇主在給付執業單位的勞務報酬時，應於給付時依規定扣繳率扣繳稅款；後續亦有列單申報的義務，應於隔年1月底前，向稽徵機關辦理扣繳憑單申報，所得類別選擇「執行業務所得」。

綜上所述整理如下表格：

	給付時扣繳	隔年1月底前申報	所得類型
公立醫院	免	免	N/A
私立的財團法人醫院、私立的社團法人醫院	免	要	其他所得
一般醫院、醫事檢驗所、診所	要	要	執行業務所得

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