資料庫匯總納稅企業實行「統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫」的企業所得稅徵收管理辦法，具體規定如下：
統一計算，是指總機構統一計算包括匯總納稅企業所屬各個不具有法人資格分支機構在內的全部應納稅所得額、應納稅額。
分級管理，是指總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。
就地預繳，是指總機構、分支機構應按規定分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。
匯總清算，是指在年度終了後，總機構統一計算匯總納稅企業的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款後，多退少補。
財政調庫，是指財政部定期將繳入中央國庫的匯總納稅企業所得稅待分配收入，按照核定的係數調整至地方國庫。
匯總納稅企業應當自年度終了之日起5個月內，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。
分支機構納稅人應提醒總機構儘快完成匯算清繳申報，並請其提供經總機構所在地主管稅務機關受理蓋章的《企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》。
分支機構發生資產損失應上報總機構，並將資產損失的證明材料和納稅資料留存備查。
- 不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅的產品售後服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
- 上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。
- 新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。
- 當年撤銷的二級分支機構，自辦理註銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。
- 匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
- 以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算並就地繳納企業所得稅。
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