台湾公司营业税之比例扣抵法与直接扣抵法比较
台湾公司除了本身业务外，如果兼营投资业务要特别留意。公司除经营本业外，如从事投资取得被投资公司分配的股利收入，即成为兼营营业人。兼营投资业务的营业人所取得的股利收入，应依台湾税法规定，汇总并入当年度最后一期(即11月及12月营业税申报，期限为来年1月15日止)营业税的免税销售额范围，包含投资台湾、境外有价证券获配的现金股利、以及未分配盈余转增资的股票股利，并以股利净额申报。
常见的错误即是，第一、台湾公司在年度中取得的股利收入(不论境內外公司所分配)，未列入当年度最后一期营业税的免税销售额申报；第二、未依台湾税法规定计算当年度不得扣抵比例调整税额。
在计算抵税比例时，兼营营业人可选择「比例扣抵法」或「直接扣抵法」两种择一，不过采用直接扣抵法后，未来三年内都要维持此模式，不能自行变更。
「比例扣抵法」或「直接扣抵法」的差异如下：
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比例扣抵法
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直接扣抵法
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适合对象
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无法明确区分所购买货物、劳务或进口货物之实际用途者(无法分辨用于应税或免税项目上) 。
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1.公司所购买货物、劳务或进口货物之实际用途大多为可明确归属于应税销售项目者。
2.非以投资为专业之公司（即未设置投资部门），主要营业项目产生多为应税销售额，但每年获配转投资事业之股利收入金额大者。
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优点
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计算简单、免经会计师签证，程序成本较低。
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经由归类各种成本之用途，能更精准的辨别成本系应税、免税或零税率之适用，进而避免使用比率扣抵法时，造成某些成本被归类错误而多缴税。
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缺点
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当公司获配转投资事业之的股利收人金额较大且可直接归属的进项税额又较少时，采此法会侵蚀到应税销售额原可扣抵的进项税额。
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1.凭证与账簿管理的成本较高。
2.符合法定情形于调整报缴当年度最后一期之营业税应经会计师查核签证，作业成本较高。
3.一经选用三年内不得变更。
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限制
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无特别限制。
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1.当公司符合下列情形之一，于调整报缴当年度最后一期之营业税，应经会计师或税务代理人查核签证：
(1)经营制造业
(2)当年度销售额合计逾新台币10亿元
(3)当年度申报扣抵进项税额合计逾新台币2,000万元。
2.应将购买货物、劳务或进口货物、购买境外之劳务之用途区分为以下三种：专供应税（含零税率）营业用、专供免税营业用、应税及免税营业共同使用，并于账簿上明确记载。
3. 一经选用三年内不得变更。
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举例，兼营投资业务的A公司在2021年间取得股利收入台币(以下同)1,896万元，未依规定申报当年度最后一期免税销售额，也未依规定计算当年度不得扣抵比例调整税额，并同缴纳，经税局查获逃漏营业税额82.9万元，并按所漏税额处0.5倍罚款。A公司之后虽然自行补申报2021年11月至12月免税销售额1,896万元并缴纳税额，不过系在国税局进行调查之后发现，A公司未符合《税捐稽征法》第48条之1自动补报补缴情形，因此仍处罚A公司。
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