台商从事跨境投资很常见，根据台湾《所得税法》第3条规定，凡营利事业总机构在台湾境内者，申报营所税时，申报范围应包括境内、境外的营利所得，在台湾合并申报计征营所税。

即便台湾租税协议覆盖有限，但是为避免让台商遭到双重课税，海外所得如果已经依当地税法规定，缴纳过所得税，只要提供所得来源国税务机关核发的纳税凭证，便可以新台币计算，扣抵台湾的营所税应纳税额。

台商拿海外纳税证明抵减台湾营利事业所得税时，有两重点需要注意：

1. 首先要注意的就是扣抵上限。其扣抵的限额，应以加计境外所得额计算所增加的结算应纳税额为限，亦即应以境外收入减除相关成本费用后的所得额，再依台湾所得税率计算其境外已纳税额之可扣抵限额，而非按境外收入的毛额计算可扣抵限额。
   
   举例说明，台湾的甲公司2020年度营利事业所得税结算申报案件，该公司依境外所得A国税法规定缴纳A国的所得税为新台币150万元，在境外A国取得技术服务收入为新台币1,500万元，甲公司于计算境外税额可扣抵限额时，不得直接将该笔技术服务收入的全数新台币1,500万元作为「境外所得」，而是应该减除其所提供的技术服务成本费用新台币1,200万元，经核算后境外所得仅新台币300万元，其因加计境外所得额而增加的结算应纳税额为新台币60万元（新台币300万元×20%），而非新台币300万元（新台币1,500万元×20%）。
   也就是说，最终该公司可扣抵境外已纳税额的限额仅为新台币60万元，而不是将境外缴纳的税额新台币150万元全数扣抵。
   
   
2. 第二个重点在于计算范围，特别对于跨多个营业的台商企业而言，应按「全部境外所得」计算抵减上限，而不是按个别国家来源所得计算其可扣抵数。
   
   举例说明，台湾的甲公司前年总共从A国子公司获配新台币1,880万元股利；同一年也卖掉B国的另一间子公司，帐上有认列股权投资损失为新台币1,938万元。甲公司申报当年度营所税时，必须将A、B在两国的投资合并计算，结果当年在海外不赚反亏。因此当A国子公司汇出股利时，曾被扣缴新台币188万元所得税额，在台湾就一毛钱都不能抵税。

最后一点提醒注意，以往台商集团从各国取得纳税证明后，还要透过台湾在当地的驻外单位验证，才能在台抵税，不过自2017年度，台湾财政部门简化作业流程，多数跨境企业可以直接拿当地的纳税证明回台湾抵减营利事业所税。

需特别注意，台商企业若有大陆所得，仍须找海基会做认证，在台湾才能享有抵税的功能，抵减大陆已纳税额时，也要注意应以当地纳税日的汇率换算为新台币来抵减台湾营利事业所得税。